Dalam melaksanakan pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat, PPLH UNMUL telah mengadakan kerjasama dalam berbagai bentuk dengan institusi pemerintah, swasta maupun masya­rakat.  Lembaga-lembaga yang pernah atau sedang bekerjasama dengan PPLH UNMUL diantaranya adalah sebagai berikut :

• Universitas : IPB, ITB, UNDIP, BKPSL, dll.
• MENLH (Pusat & Perwakilan Regional Kalimantan), BATAN.
• Instansi pemerintah: Pemda Kaltim, Bappeda, Bapedalda/BLH, DPU, Dinas Pertambangan, Dinas Kehutanan Kaltim,
• Instansi swasta : PT Badak NGL, VICO-Indonesia, Total Indonesie, Unocal/Chevron, Pertamina UP-V, Pertamina Bunyu, Pertamina Sangatta, MEDCO, Perusahaan HPH & Perkebunan, Pertambangan Batubara (KPC, PIK, BANPU: TCM & Kitadin, Lanna Harita Indonesia, dll).